« La communauté scientifique est très écoutée en Afrique du Sud »

Même si le nombre de cas est faible comparé aux chiffres de l’Europe ou des États-Unis, l'Afrique du Sud est l’un des quatre pays (avec l’ Égypte, l’Algérie et le Maroc) les plus touchés par la pandémie du COVID-19 sur le continent africain et le premier en Afrique subsaharienne. Quelles en sont les raisons ?
Jean-Pascal Torréton :1  L’Afrique du Sud fait partie des pays africains les plus connectés au reste du monde. En 2018, on y comptait près de 24 millions de voyageurs en transit, contre 12,3 M en Égypte, par exemple. Par ailleurs, de nombreux tests y ont été effectués — près de 260 000 à ce jour — un nombre supérieur à celui des autres États du continent, ce qui pourrait expliquer le chiffre de 7200 cas et de 138 décès au 4 mai. Et même si la population, d’environ 59 millions, est relativement jeune — 6 % a plus de 65 ans — il y règne de fortes inégalités, une très grande pauvreté et beaucoup de vulnérabilité.

L'Afrique du Sud compte le plus grand nombre d'infections au VIH au monde (soit 20 % de la population séropositive mondiale), avec 7,97 millions de personnes, dont près de 2,5 millions ne prennent pas régulièrement d’antirétroviraux. Le VIH expose de nombreux citoyens à la tuberculose—environ 60 % de ceux qui vivent avec le virus en sont atteints. L’obésité et les maladies coronariennes sont également très présentes et constituent des facteurs aggravants qui, comme nous le savons, augmentent la morbidité du COVID-19. Il existe aussi d’importants facteurs de risque chez les populations les plus défavorisées dont les conditions de vie difficiles les rendent plus vulnérables à la contagion. En ce qui concerne les autres pays du continent, la dynamique semble moins rapide que celle observée dans les pays européens, mais le faible taux de dépistage rend les comparaisons hasardeuses. 

Comment le président sud-africain Cyril Ramaphosa gère-t-il la crise ? Quelles ont été les principales mesures mises en place par le gouvernement ?
J.-P. T : Tout est allé très vite. Conscient du danger pour la population, dont une grande partie est particulièrement vulnérable, le gouvernement a réagi par étapes. La première a débuté le 15 mars avec la reconnaissance d’état de catastrophe nationale, alors que le pays comptait une soixantaine de cas. Cette reconnaissance accroît en effet le pouvoir des autorités, leur permet de mobiliser des ressources et de réglementer les mouvements de population. Le 18 mars, une première vague de restrictions était imposée, incluant notamment l’interdiction des rassemblements de plus de 100 personnes, la fermeture des écoles, ainsi que des limitations sur la vente, la distribution et le transport d'alcool. Un confinement de la population a été annoncé le 23 mars pour le 26 mars à minuit, de même que la fermeture des frontières, alors que l'Afrique du Sud ne dénombrait encore que 400 cas. Tous les commerces et entreprises non-essentiels ont dû fermer. Les sorties n’ont été autorisées que pour les soins et les achats de première nécessité. Aujourd’hui, policiers et militaires sont déployés au minimum jusqu’au 26 juin pour faire respecter le confinement et limiter pillages et émeutes dans ce pays caractérisé par une importante criminalité et la nature souvent violente des manifestations. 

Ce qui m'a réellement surpris, c’est que ce confinement est beaucoup plus strict que dans un pays comme la France, ce qui n’était pas gagné d’avance. Le confinement est comme partout un formidable révélateur, voire accélérateur des inégalités. Pour les populations fragiles en effet, c'est extrêmement compliqué. Les sans-abris, très nombreux en Afrique du Sud, ont été confinés dans des structures aménagées — des stades par exemple — où nourriture, eau et soins sont acheminés de l’extérieur, ce qui s’est révélé difficile au début, les effectifs à accueillir étant plus importants que prévu. Parallèlement, eau et nourriture sont également distribuées dans les habitats informels où une grande partie de la population ne dispose d’aucun moyen de subsistance en raison du confinement. Confinement qui a d’ailleurs permis à l'Afrique du Sud de gagner deux mois sur l’arrivée du pic (actuellement attendu en septembre), et de mettre cet intervalle à profit pour s’équiper en protections individuelles, dispositifs de détection, respirateurs, lits médicalisés, etc. en quantité jusqu’alors insuffisante pour couvrir les besoins estimés au moment du pic.

Ces mesures ont été accompagnées d’un énorme effort de dépistage qui ne doit pas être facile avec une population aussi hétérogène.

J.-P. T : Oui, il y a une volonté "d’aller chercher" les cas pour les faire remonter dans les circuits médicaux — car la population n’est pas nécessairement toujours informée et ne se manifeste pas toujours — un réflexe ici, depuis l’épidémie de VIH. Un des grands avantages en Afrique du Sud est qu’il existe plus de 28 000 agents de santé déjà mobilisés et organisés pour répondre aux besoins de dépistage du VIH et de la tuberculose. Ils sont répartis dans les neuf provinces du pays. Certains font du porte-à-porte, notant les températures des habitants, leurs antécédents de voyage et autres facteurs de risque. Ils se rendent notamment dans les communautés défavorisées, afin de détecter d’éventuels symptômes (par le biais de prises de température et de questionnaires), de faire tester les personnes concernées et les confiner chez elles, voire dans des structures adaptées, dont trois cents sont en cours d’aménagement dans des bâtiments vides ou des écoles fermées. 

Selon le ministère de la Santé, deux millions de Sud-Africains — sur quelque 59 millions — ont ainsi été dépistés et des dizaines de milliers de personnes testées, ce qui n'aurait peut-être pas été possible sans ce « screening ». Les techniciens du National Health Laboratory Service (NHLS) convertissent les machines utilisées jusqu’à présent pour le VIH et la tuberculose2 afin de les adapter au dépistage du nouveau coronavirus. Une flotte de véhicules a été mise en place pour réaliser des tests à travers le pays. Sur les 60 unités de dépistage mobiles équipées de systèmes portables, 52 ont été déployées dans le cadre de cette campagne de dépistage. Tous les tests indiquent que le confinement semble porter ses fruits. Dès le deuxième jour, les autorités ont annoncé que le taux d’accroissement de l’épidémie diminuait.

Comment le monde scientifique accompagne-t-il la décision politique sur cette crise sanitaire ?
J.-P. T : La communauté scientifique est très écoutée en Afrique du Sud. Le Ministre sud-africain de la Santé, Zweli Mkhize, a mis en place un comité scientifique consultatif chargé de définir la stratégie de réponse de l’Afrique du Sud au COVID-19. Composé de 45 membres — dont une vingtaine de professeurs spécialisés dans les maladies infectieuses, l’épidémiologie et autres disciplines relatives à la santé — ce comité est dirigé par Salim Abdool Karim, épidémiologiste de renom, spécialiste des maladies infectieuses. Une cellule scientifique, le COVID-19 Information Centre, a d’autre part été installée au sein de l’équivalent du CNRS français, le Council for Scientific and Industrial Research (CSIR), pour centraliser les données et aider à la prise de décision. Cette cellule a mis en place des tableaux de bord en temps réel sur l'épidémie par province, district, municipalité locale et quartier.

Comment la recherche sud-africaine s’organise-t-elle pour lutter contre le COVID-19? 
J.-P. T : L’Afrique du Sud est un grand pays scientifique et représente un peu plus du quart des publications du continent. Du fait de l'épidémie de VIH, elle compte aussi de nombreux spécialistes en épidémiologie de niveau mondial. Le pays est d’ailleurs le seul du continent à participer au projet d’essai clinique Solidarity, dans lequel 30 scientifiques sud-africains sont impliqués et dont la coordination nationale est assurée par Helen Rees et Jeremy Nel de Wits, chercheurs de renommée internationale. Une enveloppe de 42 millions de Rands (2 M€) a été débloquée et quatre des 14 centres d’excellence — à peu près l’équivalent des Labex français — ont été mobilisés pour lutter contre le COVID-19. Ces centres avaient initialement été créés pour mener des recherches liées aux pathologies qui frappaient le pays, comme le VIH et la tuberculose.

Des financements sur la recherche vaccinale ou les anticorps ont également été réorientés. Coté modélisation, le South African Centre for Epidemiological Modelling and Analysis (SACEMA) analyse les données pour affiner le modèle de propagation dans le pays. Par ailleurs, le radio télescope Square Kilometre Array (SKA), ainsi que le Centre for High Performance Computing (CHPC) du CSIR, mettent à disposition leurs capacités de calcul pour la recherche sur le COVID-19.

Le Department of Science and Innovation (DSI),3 a mobilisé plusieurs laboratoires existants pour travailler sur la pandémie. Quant aux sciences humaines, le HSRC (Human Sciences Research Council) mène une enquête visant à mieux comprendre les comportements et perceptions liés au COVID-19, au sein de la population rurale ou dans les médias.
    
Le South African Medical Research Council effectue des recherches sur l’infection COVID-19 chez les patients déjà affectés par le VIH ou la tuberculose et étudie également la dynamique spatiale du virus à travers le pays. Bien que l’on ne sache malheureusement pas encore si l’infection une fois surmontée chez un patient s’accompagnera d’une immunité durable, de nombreuses recherches sont effectuées dans ce domaine à l’échelle internationale. En termes de recherches sur la réponse immunitaire, l'Afrique du Sud a l’expérience du traitement aux anticorps monoclonaux avec le VIH. Un consortium a ainsi été constitué pour mettre au point des protocoles de suivi des patients qui se sont remis du COVID-19 pour étudier leur réponse immunitaire et rechercher des pistes de traitement le cas échéant. Enfin, le pays dispose de capacités de séquençage et contribue ainsi à l’analyse phylogénétique de ce nouveau coronavirus (SARS-CoV-2), notamment à travers la Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), dont l'utilisation principale est d'aider à retracer le virus et à cartographier la pandémie dans son ensemble.

Il existe une dynamique forte consistant à encourager les collaborations internationales, que l’on peut observer aussi dans le cas du CNRS.
J.-P. T : Oui, l’Afrique du Sud a pleinement conscience de l’intérêt des collaborations internationales en matière de recherche scientifique et les encourage volontiers. Le DSI mentionne ainsi que ses collaborations scientifiques internationales font pleinement partie de son système national d’innovation, et une des premières démarches du DSI en regard du COVID-19 a été d’organiser une visioconférence diplomatique avec les personnes en charge de la science au sein des représentations diplomatiques présentes en Afrique du Sud (le bureau CNRS y participait) pour informer de sa stratégie de recherche et rappeler qu’il était ouvert aux propositions de collaboration internationale. Le CNRS fait partie de ces partenaires internationaux et y figure même en très bonne place, étant, après l’université de Londres et la « COMUE » de Californie (University of California System), le troisième partenaire étranger à copublier avec l’Afrique du Sud sur les 5 dernières années.

Le CNRS y déploie toute sa gamme d’outils de collaboration internationale comme les International Research Laboratories,4 dont deux ont été créés en 2019 sur les trois existant actuellement sur le continent. Un accord avec la National Research Foundation (NRF), nous permet de lui soumettre pour évaluation les outils du partenariat financés par le CNRS et jusqu’ici, tous ceux soumis ont été évalués favorablement et cofinancés par la NRF. Au-delà de l’avantage pour les partenaires sud-africains et français de disposer de moyens accrus pour ces projets conjoints, ces cofinancements constituent selon moi une marque de l’intérêt de l’Afrique du Sud pour nos propositions de collaboration et une meilleure garantie de leur poursuite sur le long terme. Ceci au moment où l’actualité à la fois nous rappelle l’importance capitale de maintenir une recherche ouverte, bien dotée et faisant appel à toutes les compétences internationales, et nous interpelle sur l’imagination dont il va falloir faire preuve pour entretenir et développer ces collaborations malgré les contraintes occasionnées par cette pandémie.

• 1Directeur de recherche à l’IRD, Jean-Pascal Torréton a conduit des recherches sur la dégradation et la contamination des écosystèmes côtiers des pays du Sud. Représentant de l’IRD au Vietnam de 2011 à 2017, il a par ailleurs été élu membre de la CS3 de l’IRD (1998-2000), de la CSS3 de l’IRD (2001-2004), du conseil scientifique de l’université de la Nouvelle-Calédonie (2004-2005) et de la CGRA de l’IRD (depuis 2016).
• 2Pour le VIH, il s’agit de 18 Cobas 6800 et 8800, pour la tuberculose, de GeneXpert, 325 machines sur 166 sites, 180 utilisables pour le nouveau coronavirus. Ces dernières années, un million de tests TB étaient effectués annuellement.
• 3Equivalent du Ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation en France.
• 4IRL : Ces outils structurent en un lieu identifié la présence significative et durable de scientifiques d’un nombre limité d’institutions de recherche françaises et étrangères (un seul pays étranger partenaire).